副主任科员是“非领导职务”，虽然不是实职，但也是科级干部。在新《公务员法》未实施之前，有两种途径可以成为副主任科员：一种是直接晋升，按组织规定，机关单位中可以有不超过二分之一的“非领导职务”，也就是说，单位如果有3个领导职数，最多可以配备一名“非领导职务”，如果是4个领导职数，可以配备不超过2个“非领导职务”。“非领导职务”的级别，也不得超过单位级别。如果是县区一级正科级机构，非领导职务可以是主任科员，也可以是副主任科员，但不能直接任命副处级以上职务，也就是任命调研员或者副调研员。
另一种办法是2015年推行的“县以下公务员职务与职级并行制度”，任科员超过12年，级别达到23级，可以享受“副主任科员”待遇。这种待遇只体现在工资福利上，不与职务直接挂钩。也就是说，通过“职级并行”享受更高级别“非领导职务”的人员，其实际职务级别并没有发生改变，到退休的时候，还按晋升前的职级退休。职级并行套改“非领导职务”，只受条件限制，不受单位级别限制，比如县区正科级机构，任正科满15年、级别达到19级，可以晋升副处级待遇。
2019年6月1日新《公务员法》实施之后，“非领导职务”取消，再没有“副主任科员”等职务概念，取而代之的是一至四级主任科员。职级并行政策也扩大到了所有的公务员序列和参公人员队伍。无论是组织任命的副主任科员，还是通过职级并行获得的副主任科员待遇，在新的职级并行政策中，一律套改为四级主任科员，按任职年限进行晋升，最高可以晋升为二级主任科员。副科实职不参加套改，但晋升和副主任科员没有什么区别，也是按任职年限从四级主任科员起算。同时有过副主任科员和副科实职两种任职经历的，合并计算任职年限。
