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黑客帝国中尼奥在现实世界中为什么有超能力
首先你搞反了，那个锡安和飞船以及章鱼机器人的世界才是现实世界，那个和我们的现在一样的世界才是虚幻世界，就是母体创造出来的程序。你先搞清楚这个才能理解下面的问题。
其实很简单，之所以有超能力是因为尼奥是电脑系统中的一个漏洞，就是微软不断的要求下载补丁要补的那个东西，因为他是漏洞，所以他就拥有这个系统中其他程序所没有的权限，也就是表现出来的能飞什么的。而那些特工就是杀毒软件，要不断地去补这些漏洞。这是一部在计算机世界秩序下编造出来的电影，所以你要拿计算机的思维方式来理解。
至于说他后面什么哲学思想那实在是太小儿科了，每个十八岁左右的喜欢思考的孩子都能想到类似的问题，都是这部电影招徕观众的噱头而已，他们就是让观众进行热烈的讨论，这样就能多赚几张电影票，其实那些所谓的哲学思想太初级了。
黑客帝国
提问不清……只能边猜测你的问题边回答
第一个问题：那些黑衣人是程序管理员，程序管理员也是有权限的，不能想干什么就干什么，他们也是受母体控制的，之所以尼奥能飞那是因为他是系统中的漏洞，是不受母体控制的。这也就解释了你第二个问题，因为尼奥不受母体控制，所以那些黑衣人（系统管理员）上不了他的身。
第三个问题：这部电影好像没有提过什么关于国家的问题吧，是模糊时代地域背景的（当然所有的美国电影都默认世界就是美国这样的，因为大部分美国人从内心深处都会不自觉地以为世界就是美国那个样子的，所以你这个问题导演根本就不会考虑）
第四个问题看不懂
第五个问题：那个黑衣人在第一集里被尼奥给杀了，被杀了的意思就是黑衣人（也就是系统管理员）被系统漏洞（尼奥）给感染了，所以黑衣人的程序被改写了，他就变成了一种病毒，就拥有了和尼奥一样的能力了。
看黑客帝国是需要一定的计算机基础知识的，要不确实会看不懂。
尼欧在黑客帝国2中为什么那么神通广大，还会飞
因为他对象爱上他了，先知或者祭祀告诉过他对象，她爱上谁谁就是就是主，所以尼欧是救世主，救世主当然神通广大，想飞就飞。
黑客帝国为什么能飞又能看得到代码
这是矩阵的权限问题 这个就像是你的IPHONE越狱了 所以可以免费下很多软件 修改很多东西 就是这个道理 尼奥在变成救世主以后就相当于在矩阵越狱了 不受矩阵控制 可以改写矩阵的很多东西 所以在他眼里矩阵就是代码而已 通过代码可以改变自身能力和矩阵里面的东西 同样史密斯也一样 他是个病毒 他把先知感染了 就相当于把你电脑里的C盘最主要的系统文件感染了 也同样可以改写矩阵 但是史密斯毕竟感染的是系统文件权限比尼奥还要大 所以最后尼奥才会被打败
